مولکول های سال -2022. مشکلات داده!

لیست مولکول های سال در حال حاضر در اخبار C&E است (اما برای مشاهده لیست ، برخلاف سالهای گذشته ، باید یک حساب داشته باشید).^گار این سه چشم من را به خود جلب کردند:

1. الکترونی در مکعب: سنتز و ویژگی های پرلووروکوبان به عنوان پذیرنده الکترونی. ،[cite]10.1126/science.abq0516[/cite]حرف من قبلاً در مورد این سیستم نوشتم و بیشتر در مورد آن بحث نخواهم کرد ، جز این که توجه داشته باشید که این رئیس نظرسنجی!
2. سنتز یک الگوی ورنیه از گره های مولکولی[cite]10.1126/science.abm9247[/cite]
3. Megalo-Cavitand: سنتز اسید[4]عرصه ها و تشکیل کاویتند بزرگ و عمیق برای مصرف انتخابی C70[cite]10.1002/anie.202209885[/cite]

دو مورد آخر نمونه ای از مولکول های بزرگ سه بعدی با خواص غیرمعمول است. مورد دوم نمونه ای از سه نفری از گنج به نام گره Triskel است و من خیلی می خواستم در مختصات او گرفتار شوم تا بتوانم تجدید را بررسی کنم. من فکر کردم می توانم روشهای سلسله مراتبی را در اینجا خلاصه کنم که می توان سعی کرد چنین داده هایی را بدست آورد.

• مدرن ترین روش دستیابی به داده های مربوط به مقاله ، بررسی لیست استناد در پایان مقاله است. گرایش ، که توسط اصول داده های منصفانه مورد تشویق قرار می گیرد ، نشان می دهد که اگر چنین داده هایی دارای DOI باشد (مانند خود مقاله) ، پس از این DOI باید در نقل قول ها ، دقیقاً مانند خود مقاله ها ذکر شود. این مفهوم همچنین به عنوان درمان داده به عنوان یک شناخته می شود شهروند کلاس اول فرآیندهای علمی در این حالت ، هیچ داده ای به 81 نقل قول ذکر شده در 10.1126/science.abm9247 وصل نمی شود
• روش غالب ~ 1996 بارگیری بعدی هر ESI است. این در اینجا به هم وصل شده است. من نمی توانم ذکر کنم که فرمت PDF برای داده ها بهینه نشده است ، اما بهتر از هیچ چیز نیست. این PDF دارای 114 صفحه است و در نهایت موارد زیر را در صفحه 103 می یابد: ساختارها و انرژی های مربوطه بارگذاری شده در پایگاه داده GitHub (https://github.com/kjhstenlid/ashbridgevernier2022/). GitHub به عنوان یک ذخیره سازی نرم افزار شناخته می شود ، اما استفاده از آن به عنوان ذخیره سازی داده غیرمعمول است. به این ترتیب ، این داده ها منصوب نمی شوند (که توضیح می دهد که چرا در نقل قول های مقاله نشان داده نشده است). در اینجا شخصی از readme می آموزد که حاوی آن است ساختار گره مولکولی در پرونده CIF برای گره های ورنر و شیلدحرف
• برای به دست آوردن این اطلاعات ، باید وانمود کرد که یک کد است و بایگانی کد پستی را بارگیری می کند. با این حال ، پرونده CIF موجود در آنجا هنگام تلاش برای بارگیری در یک بیننده CIF مانند جیوه ، یک اشتباه کشنده ایجاد می کند: سلول خواندن CIF شکست خورد ، نمی تواند “_cell_l طول+a” را استخراج کند. CIF بدیهی است که توسط یک برنامه تجزیه و تحلیل کریستالوگرافی تولید نمی شود ، اما یک برنامه مدل سازی به وضوح به عنوان CIF نامعتبر است.
• اکنون باید دوباره برگردد تا ببیند آیا پرونده CIF با استفاده از ویرایشگر متن قابل نجات است یا خیر. این غیر مهم است ، اما در نهایت حدود 10 دقیقه ویرایش پرونده ای را تولید می کند که قابل مشاهده است.
• در اینجا ساختار سه بعدی وجود دارد (برای دیدن روی تصویر کلیک کنید).
  

اکنون برای مگالوس (یا نه). درست مانند بالا ، شخص خود را در یک پرونده 49 PDF پیدا می کند که به دنبال مختصات است. در آنجا ، شخصی از مدل های بیان PM6 که از P 28 شروع می شود ، دریافت می کند ، اما افسوس ، بدیهی است که هیچ مختصری وجود ندارد.^«

بنابراین هیچ مدل سه بعدی برای نمایش در اینجا وجود ندارد (با عرض پوزش ، کلیک بر روی تصویر بالا آنها را تولید نمی کند^«).

نکته نهایی من باید این باشد که وقتی یک مولکول جالب برای درج شده انتخاب می شود به عنوان مثال مولکول های سال – 2022 ، یکی از معیارهای ورود به آن این است که وجود داده های کامل و منصفانه که خصوصیات آن را توصیف می کند باید یکی از معیارهای اصلی انتخاب باشد.

^{‡ ‡ ‡}توجه داشته باشید که روش استفاده شده برای تولید این مختصات (PM6) ممکن است کامل نباشد. این شامل شرایطی برای جاذبه پراکندگی نیست ، که احتمالاً در صورت مدل سازی مجموعه مجتمع میزبان مهم هستند. روش PM7 که این کار را انجام می دهد برای چنین مواردی به مراتب بهتر است! این امر بر اهمیت تهیه داده ها تأکید می کند ، در این مورد مختصات سه بعدی. محاسبه مجدد ابعاد این مولکول ها با استفاده از روشی که به شما امکان می دهد جاذبه های پراکندگی را درگیر کنید ، جالب خواهد بود. فقط اینجا را ببینید
^« من با نویسندگان تماس گرفتم [cite]10.1002/anie.202209885[/cite] و معلوم می شود که مرجع ارسال یک مرکز ذخیره سازی داده توسط مقاله از دست رفته است. داده ها doi: 10.5281/Zenodo.6953961 است و من به طور جداگانه در مورد تجزیه و تحلیل خود از تأثیر جایگزینی PM6 با PM7 گزارش خواهم داد.
^گاراین نامه باز را در مورد تغییرات C&N مشاهده کنید.

این پست DOI: 10.14469/HPC/12028

متصل